Если именно синхронизировать, то жмешь на юнита правой кнопкой - соединить и тд.
Для того, чтобы загрузить миссию сделанную в 3Д редакторе в 2Д, заходим в миссию, открываем консоль отладки, выполняем в ней локально код
[] call BIS_fnc_3DENExportOldSQM;
Сворачиваем игру, создаем где-нибудь файл mission.sqm, вставляем туда код из буфера обмена (CTRL+C), сохраняем.
Создаем папку вида название_миссии_по_правилам.локация, в нее закидываем новенький mission.sqm и все остальные СТАРЫЕ файлы из папки миссии, которую делали в 3Д редакторе. Кидаем папочку в мои документы/Arma 3 - Other Profiles/имя профиля/missions и запускаем все это дело через 2Д редактор.
Основу же для миссии надо делать в 2Д редакторе (проставлять модули платформы) и только потом, если вам так уж невтерпеж, можете воспользоваться 3Д редактором на свой страх и риск.