Наконец-то добился оптимального фпс, и разобрался с настройками графона.
http://arma3.ru/forums/topic/2325-gaid-po-optimizatcii-arma3-prirost-fps-okolo-50-na-sred/
Было чтото подобное у меня. Решилось методом научного тыка пальцем в небо. Но мне кажется сыграло роль то, что изменил в моих документах свойства папки с профилями. А именно выставить режим чтение и запись для папки всех папок в ней и файлов.Затем нужно поставить все как нужно в clippi.